清代康熙、乾隆、嘉庆皇帝也精于琴。
乾隆还非常热衷于收藏历代名琴，曾请侍臣梁诗正、唐侃将其藏琴断代品评，分等编号，绘为册页，记录存世。
清代宫廷画家张宗苍绘有《弘历抚琴图》，图中的弘历着古装，正在抚琴，一皇子扮成童子模样。
此画作于乾隆十八年()，弘历时年四十四岁。乾隆晚年退位后，也经常以琴画自娱。
他爱听侍臣唐侃弹琴，曾写诗一首以记其事，诗云：
萧森梧竹含秋清，银猊吐篆萦风轻。虚堂万籁俱闲寂，唐侃琴操锵锵鸣。一弹再抚余音查，松风水月襟怀渺。孤鹤横空唳一声，繁丝弱竹喧群鸟。明清两代帝王的好琴，必然导致当时朝野爱琴蔚然成风。
在当时的器乐艺术中，琴乐仍然是文人音乐的重要乐种。作为明清琴乐发达的标志，私人集资刊印琴谱的风气很盛。
不少文人士大夫提倡琴学，将古代传承下来的琴曲以及民间尚在流传的曲目，编纂成谱集，并对其表现内容给予解释和说明。
从15世纪初到19世纪末的年间，先后刊印的琴曲谱集达数百种之多，留传至今的尚有余种。这不仅使许多古曲得以保存，并且也促进了不同琴派、师承之间的琴艺交流。
古琴作为一种文人音乐，它的发展必然受到各个时代士大夫的哲学观念、文艺思潮、审美风尚的制约。
唐和唐以前的琴曲，多右手繁声促节的套头指法，讲究的是如《广陵散》《离骚》等琴曲中体现的气势、力度和节奏。
宋以后，右手套头指法开始分解为声少节缓的单声指法，左手指法得到充分的发展，古琴音乐开始从声多韵少向声少韵多转变。
明清时期，由于受昆曲及其他戏曲音乐的熏陶和影响，在古琴的演奏技术方面，也有了重要的变化。
尤其是左手的技法更为细腻、生动，讲求音韵变化。
如《五知斋琴谱》中的《潇湘水云》《胡笳十八拍》等琴曲，其左手吟猱绰注的运用已相当丰富。
明清时期新出现的琴曲，更是以追求琴乐的音韵为主，在琴曲意境上，也多写避时隐世或写景抒情之作。
如“借鸿鹄之远志，写逸士之心胸”之《平沙落雁》:“千载得失是非，尽付之渔樵一话而已”之《渔樵问答》：写月夜清风、良宵雅兴之小品《良宵引》等。
然而，应当看到的是，由于明清琴乐在审美上过于标举“清微淡远”，其局限性也很明显，尤其是片面强调“微”和“淡”，必定会产生流弊。
另外，明末以后的琴曲创作也开始逐步走向衰弱。其琴歌虽有少数优秀之作，但大多数作品艺术性极低。
在器乐曲创作方面，虽略胜一筹，但成功之作也屈指可数。
与宋元以前的作品如《广陵散》《潇湘水云》《碣石调·幽兰》《大小胡笳》之大气磅礴，显然不可同日而语。
总体来说，明清时期琴坛甚为活跃，琴派纷呈，尤其是乾嘉时期，出现了所谓“金陵之顿挫，中浙之绸缪，常熟之和静，三吴之含蓄，西蜀之古劲，八闽之激昂”等非常繁盛的景象。
据传，明清之际还有因避世乱而赴日本的蒋心俦(-)在日本创立的日本琴社，日人尊称他为东皋禅师，现存《和文注琴谱》《东皋琴谱》，或许就是根据他所传的琴曲辑录而成。
明代斫琴工艺也有一定的成绩，至今尚有存见的“潞王”琴就是当时的杰作。明清的琴曲传播对后世也有一定影响。
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